Skip to content
Snippets Groups Projects
Commit a9b66f14 authored by Ondřej Novák's avatar Ondřej Novák
Browse files

add documentation

parent 113ad493
No related branches found
No related tags found
No related merge requests found
docs.md 0 → 100644
# Zarovnávání DNA sekvencí převedených na časové řady
#### Ondřej Novák a Pavel Verner
> novako20@fit.cvut.cz<br>vernepa1@fel.cvut.cz<br>
[MI-VMV paralelka 103](https://timetable.fit.cvut.cz/old/public/cz/paralelky/C14/35/par1435506.103.html)
## [Zadání](https://edux.fit.cvut.cz/courses/MI-VMW/tutorials/start#seznam_projektu)
> Bioinformatika
> Zarovnávání DNA sekvencí převedených na časové řady
> DNA sekvenci lze převést na časovou řadu tak, že jednotlivým bázím A,C,G,T přiřadíme váhy (např. A:1, C:2, G:-2, T:-1) a při čtení sekvence upravujeme sumu hodnot podle právě čtené báze. Aplikace by měla umožňovat vizualizaci časových řad vygenerovaných z DNA sekvencí, váhy by měly být nastavitelné (např. ve webovém formuláři) a podobnost časových řad bude řešena pomocí DTW (dynamic time warping) distance.
## [Řešení](https://webdev.fit.cvut.cz/~novako20/vmw-dtw/web/)
> Webová aplikace (HTML + PHP + JS), algoritmus implementován v jazyce C
> Celý projekt je dostupný veřejně na školním gitlabu: [gitlab.fit.cvut.cz/novako20/vmw-dtw](https://gitlab.fit.cvut.cz/novako20/vmw-dtw/tree/master)
> Aplikace běží na školním webdevu: [webdev.fit.cvut.cz/~novako20/vmw-dtw/web](https://webdev.fit.cvut.cz/~novako20/vmw-dtw/web/)
### Zarovnávání DNA sekvencí převedených na časové řady
### Zarovnávání DNA sekvencí převedených na časové řady
DNA sekvenci lze převést na časovou řadu tak, že jednotlivým bázím A,C,G,T přiřadíme váhy (např. A:1, C:2, G:-2, T:-1) a při čtení sekvence upravujeme sumu hodnot podle právě čtené báze. Aplikace by měla umožňovat vizualizaci časových řad vygenerovaných z DNA sekvencí, váhy by měly být nastavitelné (např. ve webovém formuláři) a podobnost časových řad bude řešena pomocí DTW (dynamic time warping) distance.
......
0% Loading or .
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment